Na istočnoj obali Jadranskoga mora Židovi su boravili već u antičko doba, dolazeći povremeno grčkim brodovima kao trgovci. Dva drevna priobalna grada – Dubrovnik i Split – imali su svoje male židovske zajednice već u rimsko doba. U hrvatske unutrašnje krajeve dospjeli su Židovi također već u rimsko doba, prateći rimsku vojsku, uglavnom kao liječnici i trgovci. Dvije istočnojadranske zajednice sačuvale su kontinuitet tijekom svih srednjovjekovnih netrpeljivosti i progona, koji su Židove u ovim krajevima pogodili podjednako kao i u drugim europskim zemljama. Ali i pored teškoća, život zajednica u Dubrovniku i Splitu većinom se odvijao u suživotu s kršćanskim susjedima, uz slobodu vjeroispovijesti i obrede u sinagogi; zgrada dubrovačke sinagoge je druga najstarija sačuvana u Europi. Ove dvije zajednice kontinuirano su napredovale, te su čak bile sposobne prihvatiti mnoge prognanike iz Španjolske, iz koje su svi nepokršteni Židovi izgnani 1492., i Portugala, nakon pogroma 1498.
U sjevernim hrvatskim krajevima promjenjivu srednjovjekovnu snošljivost prema Židovima zamijenio je potpuni izgon (1526.). Od sredine 18. stoljeća Židovi su ponovo smjeli dolaziti, isprva samo radi povremenog trgovanja na sajmovima, kasnije su se počeli i trajnije nastanjivati, premda su im bile postavljene mnoge porezne zapreke koje nisu opterećivale kršćansko stanovništvo. Nakon izdavanja “Patenta o toleranciji” cara Josipa II. (1782.), simbolični broj naseljenih naglo je počeo rasti doseljavanjem pridošlica iz više sjeveroistočnih zemalja. Uglavnom su bili njemačkoga i mađarskoga govora i pripadali nedugo prije toga nastaloj reformiranoj židovskoj sljedbi (tzv. neološkoj).
Postupnim izjednačavanjem u građanskim pravima, hrvatski Židovi su se uzdizali i gospodarstveno i kulturno, te su uskoro u mnogim sredinama zauzeli jednu od vodećih uloga u životu mnogobrojnih manjih i većih hrvatskih gradova. Najveća zajednica bila je ona u Osijeku, no potkraj 19. stoljeća vodstvo je preuzela zagrebačka, osnovana 1806. U to doba u mnogim gradovima i gradićima sagrađene su i sinagoge, pa tako i u Zagrebu (1867.). Židovska edukacija odvijala se nesmetano. Od 1860. Židovi su smjeli posjedovati zemljišta i nekretnine, a gotovo stoljeće nakon “Patenta o toleranciji” hrvatski Sabor je izjednačio građanska prava za Židove s ostalim građanima (1873.), što je potaknulo daljnji razvitak zajednice. Židovi su se posve uklopili u život šire zajednice, mlađi naraštaji prihvatili su hrvatski jezik, rabini (poput znamenitih Gavre Schwatza i Šaloma Freibergera) su se zalagali za prevođenje osnovnih vjerskih tekstova na hrvatski.
Prvi svjetski rat i raspad Austro-Ugarske te uspostava nove jugoslavenske države nisu poremetili hrvatsku židovsku zajednicu ni manje ni više nego ostale građane. Zagreb se razvio u snažno cionističko središte, te je već tijekom rata počeo izlaziti cionistički list “Židov” (izlazio je od jeseni 1917. sve do pred samu njemačku okupaciju u travnju 1941.). Zajednica je organizacijski bila jedinstvena, a velika većina vjernika pripadala je tzv. neološkom (reformiranom) smjeru. Odnosi s manjinskim ortodoksnim dijelom zajednice tijekom vremena su se u najvećoj općini, zagrebačkoj, zaoštrili do točke kada se ortodoksna zajednica odvojila (1939.). Nekoliko stotina vjernika obuhvaćala je i zasebna sefardska zajednica. Od dva tuceta židovskih obitelji u Hrvatskoj u doba carice Marije Terezije, postotak židovskih građana narastao je do gotovo pet posto Zagrepčana i do osam posto Osječana u trenutcima najviše zastupljenosti u stanovništvu. No Židovi su Hrvatskoj dali čak neusporedivo veći prinos u gospodarstvu, medicini, arhitekturi, znanosti…. nego je bila njihova zastupljenost u stanovništvu.
Sinagoga u Zagrebu, srušena 1941./42.
Razvitak zajednice naglo je bio prekinut njemačkom okupacijom Jugoslavije u okviru Drugoga svjetskog rata i raspadom države u kojoj su Židovi, unatoč svim povremenim teškoćama, nalazili poštovanje svoje posebnosti i ravnopravnost, pa i ugled u društvu. Raspadom države je 10. travnja 1941. stupio na vlast hrvatski ustaški pokret, te je uspostavljena Nezavisna Država Hrvatska (NDH). Već prvog mjeseca ustaške vlasti proglašeni su “rasni” zakoni poput njemačkih. Židovi su proglašeni nepoželjnima, uz Rome (osim onih islamske vjeroispovijesti) i Srbe, čiji progon su ustaše već ranije otvoreno najavljivali. Sustavnim progonom i istrebljenjem na temelju službeno proglašenih zakona NDH i za hrvatske Židove je počeo Holokaust. Židovi su (uz Rome i Srbe) na temelju službeno donesenih zakona opljačkani, ubijani na mjestu ili u koncentracijskim logorima, brojne sinagoge su srušene, devastirane i obesvećene. Već potkraj 1941. planski je srušena zagrebačka sinagoga u Praškoj ulici.
Od oko 24.000 tadašnjih hrvatskih Židova, smrtno je stradalo oko 20.000, najviše u ustaškom koncentracijskom logoru Jasenovac. Holokaust je preživjelo samo oko četiri tisuće hrvatskih Židova (oko 20 posto zajednice), od kojih se oko polovine vrlo skoro – većinom 1949. i tijekom sljedećih nekoliko godina – odselilo u netom osnovanu Državu Izrael. Većina nekada brojnih i vrlo aktivnih zajednica diljem Hrvatske zauvijek je zatrta, ali desetkovana zajednica je ipak preživjela, premda u simboličnom broju, pa danas broji između 1000 i 2000 pripadnika. Oko pola stoljeća nakon završetka Holokausta zajednica je počela pokazivati onoliko znakova oporavka koliko joj je bilo moguće, uništenoj duhovno, materijalno i brojčano, te danas bilježi brojne aktivne članove na području židovskih studija, književnosti i njegovanja tradicije židovske umjetnosti, glazbe i drugih grana kulture. Mnogi hrvatski građani židovskoga podrijetla ostvarili su i ostvaruju visoke domete u znanosti, ali i u umjetnosti i kulturi izvan židovske tradicije.
Danas u Hrvatskoj postoje dvije židovske zajednice, obje sa sjedištem u najvećoj hrvatskoj židovskoj zajednici, zagrebačkoj: Židovska vjerska zajednica Bet Israel u Hrvatskoj, Mažuranićev trg 6, te Koordinacija židovskih općina u Hrvatskoj, Palmotićeva 16. Židovska vjerska zajednica Bet Israel otvorena je svim zainteresiranim građanima u pružanju informacija i mogućnosti besplatnog sudjelovanja na brojnim atraktivnim kulturnim priredbama, poput izložaba, koncerata, filmskih projekcija i promocija knjiga, te u korištenju usluga specijalne knjižnice judaike.